Iedere organisatie heeft een structuur. Een model waarin de organisatie wordt weergegeven en de afhankelijkheden zijn vastgelegd.
Kopwerk heeft vanaf 1 augustus 2006 een nieuw bestuursmodel, met een College van Bestuur en een Raad van Toezicht. In dit model wordt de aansturing en het toezicht formeel gescheiden. Het College van Bestuur is het bevoegde gezag (stuurt aan en stelt vast) en legt verantwoording af aan de Raad van Toezicht (keurt goed en houdt toezicht).

De Raad van Toezicht kent vijf leden met voldoende spreiding van kennis en ervaring op juridisch, financieel-economisch, sociaal-maatschappelijk, levensbeschouwelijk en onderwijskundig gebied.

De leden van de Raad van Toezicht van Stichting Kopwerk zijn:

Dhr. Dirk van der Bijl (voorzitter)
Mevr. Marian Merkelbach
Dhr. Theo Bregman
Mevr. Willeke Nederlof
Vacant